在进行排污许可申报时，需要上传的文件包括企业工商营业执照、环保设施验收报告、环保设施运行记录、废水及废气监测报告等相关证明材料。

此外，还需要提供企业排放口位置图、废水处理站布局图等相关图纸文件。以上文件需要经过相关部门审核确认后，方可成为排污许可证的必要附件，以确保企业的环保措施符合国家相关标准和要求，遵循绿色经济的发展方向，保护生态环境、促进可持续发展。