巢湖水下古城遗址因为涉及到大量的历史文化遗产保护和环境保护问题，挖掘难度和成本极高，对遗址本身也会造成很大的损伤和破坏。

同时，水下环境环境也非常困难，存放在水中的文物也需要进行严密的保护，要保证准确安全地发掘需要完成大量的准备工作。

因此，对巢湖水下古城遗址的挖掘需要充分考虑历史文化保护和环境保护问题，采取科学、安全、稳健的方法尽可能减小对遗址的破坏。