太平岛的淡水主要来自岛上的自然降水以及岛内地下水。因为太平岛远离台湾大陆，没有自来水管线连接。岛上的淡水主要来源于天然的降雨和水源地下水。为了满足居民和驻军的生活需求，岛上还建有几座淡水井，从地下抽取淡水供应使用。

除此之外，太平岛也建有一个淡水处理单元，对收集的雨水和地下水进行处理和消毒，以保证饮用水的卫生安全。