1、全面、系统地开展流域综合治理。首先是确立科学、系统的综合治理思路。坚持从湖内治理为主向全流域保护治理转变，从专项治理向系统的综合治理转变，以专业部门为主向上下结合，各级各部门密切协同治理转变，从工程治理为主向工程治理和生态修复相结合转变。其次是坚持规划引导。

2、紧紧依靠科技进步和科学的方法治理面源污染。对农业面源污染进行全面监测和综合分析，对主要入湖河道水质进行监测。

3、坚持因地制宜、积极探索体制机制的创新。创建了农村垃圾清运模式（农户交费、政府补助、市场化运作），告别长期以来垃圾入湖的生活习惯。针对地方财政不足的现实情况，创新投融资体制，建立按财政增长比例增加对环保投入的机制。