区别在于：

发热门诊是专门为那些患有传染病患者提供的专用诊室。而急诊是主要是针对一些突发事件，比如像些食物中毒，酒精中毒以及其他的农药中毒，或者是车祸，或者是患者出现有心脏骤停以及呼吸困难等等这些比较危重的人设立的科室，为了他们就诊方便快速，所以发热门诊和急诊是两个完全不同的科室。

发热门诊一般都是一些比较大的医院，由于在一些传染病流行高发期时，专门为了排查疑似传染病人而设立的科室，所以针对发热门诊，我们要有这样的一个正确认识。