如果职工在1987年发生了工伤，但直到2006年才被认定，那么职工可以向当地的劳动保障部门申请工伤认定复查，提供相关的证据和材料，要求重新评估工伤情况。如果重新评估结果认定为工伤，则可以申请工伤赔偿和相关的医疗费用报销，同时还可以获得一定的伤残补偿金。

具体操作步骤如下：

1. 准备材料：包括职工的身份证、劳动合同、工伤事故的证明材料、相关的医疗证明和病历等。

2. 向当地的劳动保障部门申请工伤认定复查，说明工伤认定的历史情况和要求重新评估。

3. 等待劳动保障部门的复查结果，如果重新认定为工伤，则可以申请工伤赔偿和相关的医疗费用报销。

4. 如果劳动保障部门对认定结果不满意，可以向相关的仲裁机构或法院提起诉讼，维护自己的权益。

需要注意的是，工伤认定的复查和申请过程比较繁琐，申请人需要具备一定的法律知识和经验。因此，建议职工在申请前咨询专业的律师或相关机构的工伤认定专家，以便更好地维护自己的合法权益。