如果沈阳市灵活就业者在1-8月份的缴费中发现差额，可以通过以下方式进行补交。

首先，灵活就业者需要登录沈阳市社保网站，进入个人账户查询页面，查看自己的社保缴费情况。如果发现差额，可以选择线上或线下方式进行补交。线上方式需要在网站上进行缴费操作，而线下方式则需要前往社保局或银行柜台进行缴费。无论选择哪种方式，灵活就业者需要准备好相关证件和缴费金额，确保及时补交缺失的社保费用。