保险公司指定修车店通常会使用原厂配件进行维修。这是因为原厂配件具有与车辆原始配件相同的质量和性能，能够确保修复后的车辆符合原厂标准。此外，使用原厂配件还可以保持车辆的价值和保修有效性。然而，具体情况可能因保险公司政策和维修项目而有所不同，因此在选择修车店时最好与保险公司进行确认。